廣西北投民航投資有限公司是國有資本控股公司，由廣西北部灣投資集團76.00%和廣西機場管理集團24.00%兩家廣西區直國企控股的公司，廣西北投民航投資有限公司對外投資的下屬公司有廣西北部灣航空有限責任公司（北部灣航空公司）。
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廣西北投民航投資有限公司董事長是由廣西北部灣投資集團運營部總經理兼任的。
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北部灣航空公司由海航集團（天津航空有限責任公司）控股70%和廣西北投民航投資有限公司控股30%的企業。